Non ci sono contraddizioni.

Rimuovere le gemme dal passato cambia effettivamente le cose e crea una linea temporale alternativa (nel caso dell'Antico e della gemma del Tempo, ad esempio, non ci sarebbe stato il modo di allontanare Dormammu).

Tutto il resto, invece, non cambia gli avvenimenti che sono già successi perché si svolge tutto all'interno della stessa linea temporale e non si creano realtà alternative. Quello che fanno i personaggi è spostarsi in "luoghi" diversi all'interno della stessa linea temporale viaggiando nel regno quantico. Capitan America ha viaggiato da un "luogo" ad un altro ed è tornato indietro percorrendo due "strade" diverse.
Non si è mosso tra linee temporali parallele come Trunks, tanto per fare un esempio, ma è rimasto sempre sulla stessa linea (quella arancione mostrata dall'Antico, mentre la linea nera era effettivamente una linea alternativa).