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La storia è ambientata a Tokyo dopo un terremoto di magnitudo 8.0 sulla scala Richter, che distrugge molti degli edifici simbolo della città. È centrata su Mirai e Yūki che, all'inizio delle vacanze estive, si recano ad una mostra di robot ad Odaiba, un'isola artificiale nella Baia di Tokyo. I due andranno da soli, con grande disappunto di Mirai, perché i genitori sono impegnati a causa dei rispettivi lavori. Proprio alla fine della visita, mentre Yūki va alla toilette e Mirai lo sta aspettando fuori dall'edificio, si verifica un terremoto devastante che causa la distruzione di centinaia di edifici e ponti, compreso il Rainbow Bridge. Mirai, scioccata da quanto appena successo, entra comunque nell'edificio pericolante per cercare il fratellino e, grazie all'aiuto di Mari, una fattorina motociclista, i due si ricongiungeranno. A questo punto inizierà il viaggio dei tre: Mirai e Yūki devono tornare a casa dai genitori a Setagaya e Mari deve raggiungere la madre e la figlia di quattro anni a Sangenjaya.
Durante il viaggio, a causa di una forte scossa di assestamento la Tokyo Tower, già gravemente danneggiata, crolla; alcune macerie colpiscono Yūki alla testa che però si rialza e assicura di essere in grado di continuare. Dopo un giorno però, Yūki perde i sensi e viene portato all'ospedale. Mirai lo vede su di una barella con un lenzuolo bianco sul viso ma si sveglia più tardi e lo trova nuovamente in piedi mentre gioca con altri bambini fuori dall'ospedale. Lasciato l'ospedale, i tre si dirigono verso l'abitazione di Mari, che però è stata distrutta dagli incendi causati dal terremoto. Dopo una ricerca frenetica incoraggiata da Yūki, finalmente Mari troverà la figlia rimasta illesa e la madre con ferite lievi. Mentre Mari aiuta le infermiere ad accudire la madre, Mirai decide di proseguire da sola col fratello e, grazie ad un militare che le offre un passaggio su di un camion adibito al trasporto di feriti, riesce a raggiungere il suo quartiere. Qui incontra un'amica che la mette al corrente del luogo in cui si trovano i genitori. Nel cercare di raggiungerli, Mirai incontra un amico di Yūki che, stranamente, sembra non riuscire ad incontrarlo.