Zoro viene portato sulla Going Merry dove viene curato da Sanji e da Zeff, il proprietario del ristorante il quale utilizza un vecchio trucco per far cicatrizzare le ferite, ma le condizioni dello spadaccino restano gravi.

Nel mentre vegliano lo spadaccino Sanji racconta la sua storia, Zeff era un cuoco-pirata che assaltò la nave su cui era Sanji da bambino, la nave fu travolta da una gigantesca onda e i due finirono su di uno scoglio con poco cibo. Per permettere la sopravvivenza del ragazzo Zeff cedette anche il suo cibo e lui si nutrì di nascosto tagliandosi una gamba e mangiandola, passarono su quello scoglio 80 giorni.

Al Baratie giungono i pirati di Arlong in cerca di Luffy, giunti lì grazie all'orecchio che Bagy aveva nascosto nel capello. Luffy sfida l'uomo pesce ma viene pesantemente sconfitto, in più Nami rivela di essere un membro della ciurma di Arlong e gli consegna la mappa della rotta maggiore. Luffy si dispera e crede di aver fallito come capitano fino a quado Zoro non si riprende e giura di seguire il suo capitano fino allo One-Piece. Anche Sanji si unisce alla ciurma dopo l'insistenza del suo maestro e decidono di andare a riprendersi Nami, seguiranno i pirati grazie alla testa di Bagy che hanno rubato.

Garp bombarda la nave dei pirati e ad un certo punto decide di prendere lui stesso una bomba e di lanciarla, la quale si rivela molto più veloce delle altre, Luffy si gonfia e la fa rimbalzare per poi danneggiare la nave di Garp e così fuggire nella nebbia. Il viceammiraglio arrabbiato ma fiero del nipote decide di chiamare lo spadaccino Drakul Mihawk, membro della flotta dei sette, per fargli catturare Luffy da vivo. Kobi sente la conversazione e chiede spiegazioni ad Helmeppo il quale gli dice che loro sono 7 pirati che il governo usa per i lavori sporchi.

I pirati nel mentre giungono alla nave ristorante chiamata Baratie, qui conoscono il cuoco/cameriere Sanji. Luffy mangia talmente tanto da non riuscire a pagare il conto e per ciò viene messo a lavare i piatti. Nami si rivela preoccupata per la relazione tra il capitano e Garp e cerca un passaggio per la sua isola all'insaputa degli altri. Al Baratie arriva Mihawk, in cerca di Luffy, il quale viene riconosciuto da Zoro che lo sfida contro il parere degli altri.

All'alba seguente avviene lo scontro, il membro della flotta si rifiuta di utilizzare la sua enorme spada contro Zoro e decide di usare un pugnale che porta al collo. Il duello è a senso unico tranne quando Zoro decide di usare tutte le sue spade, allora anche l'avversario impugna la spada, ma nello scontro frantume due spade di Zoro lasciando integra solo quella che apparteneva a Kuina. Però non ritiene che sia giunta l'ora di uccidere lo spadaccino, quando si gira per non essere colpito alle spalle in quanto perdente, quindi lo ferisce gravemente lasciandolo in fin di vita, come segno di rispetto e ignorando l'ordine di catturare Luffy se ne va.

Usop racconta la storia a Kobi ed Helmeppo, il primo gli crede ma il secondo dubita in quanto Kuro dovrebbe essere stato catturato da suo padre. Alla villa di Kaya Nami trova Luffy avvelenato dai subordinati di Kuro e fugge mentre sente questi arrivare. I Marine arrivano alla villa di Kaya e trovano Kuro il quale gli consegna Luffy e smentisce Usop facendolo fuggire. Nami esce dal suo nascondiglio e tramortisce Sham, una sottoposta di Kuro. Mentre accade ciò, Zoro è nel pozzo e si è sveglia, ripensa alla sua infanzia e prova ad uscire. Usop entra in camera di Kaya e gli racconta la verità, ma anche questa si spaventa e prova a mandarlo via. A mezzanotte Kuro fa sigillare la casa e da ordine di uccidere Kaya. Kaya con Usop e Nami decide di fuggire verso la camera dei genitori dove può scappare all'esterno. Zoro uscito dal pozzo, si imbatte nei Marine e libera Luffy, che nel frattempo si è ripreso, i due insieme si dirigono alla villa e riescono a forzare una porta sigillata, Zoro combatte e mette fuori gioco i due compagni di Kuro, mentre Luffy giunge appena in tempo per salvare Kaya, Nami e Usop. Dopo un combattimento Luffy sconfigge Kuro e salva i suoi amici. Kaya per ringraziarli gli regala una nave, la quale viene rinominata Going Merry in ricordo dell'avvocato. Luffy invita Usop come membro della ciurma, questi dopo un primo momento di indecisione, accetta la proposta e salpa con gli amici.

Kobi tornato alla nave fa rapporto e chiede perdono a Garp, il quale gli dice che la missione era trovarli. La nave di Garp inizia a cannonare la caravella e Luffy rivela che Garp è suo nonno.

Villaggio di Shirop 7 anni fa un bambino inizia ad urlare che arrivano i pirati; dopo 7 anni Usop continua questa abitudine con gli abitanti ormai stanchi del suo comportamento. Luffy, Nami e Zoro devono trovare una nuova nave perchè la loro imbarcazione imbarca acqua. Giungono nell'arcipelago di Gecko, nel villaggio di Shirop precisamente, dove c'è un grande cantiere navale; non potendosi permettere una nave Nami e Zoro iniziano a pensare un piano per rubarne una, mentre Luffy va in giro vede una caravella con la polena a forma di testa di ariete, su questa nave lavora come carpentiere Usop che si offre di presentargli la proprietaria dei cantieri Kaya.

Arrivati nella villa di Kaya questa si rivela essere una ragazza gentile ma malata, il suo maggiordomo Klahador, ostile ai ragazzi, fa insospettire Zoro. Invitati alla cena per il 18° compleanno della ragazza la sera stessa incontrano Merry l'avvocato che ha gestito i beni di famiglia per il periodo in cui Kaya è stata minorenne. Merry cerca insistentemente di parlare con Kaya ma ogni volta gli viene impedito dal maggiordomo che insieme agli altri due servitori sta mantenendo malata la ragazza tramite dei pasti avvelenati.

Garp è in viaggio con Kobi ed Helmeppo alla ricerca dei pirati che hanno assalito la base a Shells Town, durante il viaggio riconosce le potenzialità di Kobi e lo promuove cadetto anziano al posto di Helmeppo. Riusciti a trovare un indizio sulla loro possibile direzione decidono di far rotta verso l'arcipelago di Gecko.

Dopo la cena a casa di Kaya, Klahadore si incontra con Merry nelle cantine e lo uccide perché l'avvocato era dubbioso sulle reali volontà della ragazza di passare i suoi averi al maggiordomo. Nel mentre Nami che sta rubando per la casa entra in camera di Kaya e si confida con la ragazza. Luffy e Zoro vanno nelle cucine a fare uno spuntino, lì trovano Usop e questi scoprono che il ragazzo ha una buona mira, Usop dichiara di averla ereditata da suo padre Yasop, il quale è conosciuto anche da Luffy perchè un membro dei pirati di Shanks. Zoro e Usop scendono in cantina e trovano il cadavere di Merry con 5 pugnalate; così Zoro ricorda che il maggiordomo in realtà è Kuro capitano dei pirati Kuroneko, il quale in realtà dovrebbe essere stato ucciso dal capitano Morgan; lo spadaccino viene messo al tappeto dagli aiutanti di Kuro, mentre Usop riesce a fuggire. Nella fuga Usop urla nuovamente che ci sono i pirati ma i cittadini non gli credono, trova Kobi con gli altri Marine appena sbarcati.

Nel mentre Bagy il clown è stato catturato dal pirata uomo-pesce Arlong che rivela di aver ricevuto un messaggio da Nami che gli ha detto delle sue azioni ad Orange Town. Il clown però propone un alleanza all'uomo-pesce per sconfiggere Luffy.

Rufy, Zoro e Nami vengono catturati da Bagy il Clown, un pirata che ha imprigionato gli abitanti di Orange Town nel suo personale circo. Rufy riesce a inghiottire la mappa prima di essere catturato e scopre i legami di Bagy con Shanks. Un flashback rivela che Shanks aveva salvato Rufy da un bandito di montagna chiamato Higuma, ma aveva perso il suo braccio durante il salvataggio. Shanks aveva donato a Rufy il suo cappello di paglia affinché potesse realizzare il suo sogno di diventare il Re dei pirati.

Bagy cerca di annegare Rufy in una gabbia ripiena di acqua di mare, ma Zoro e Nami, ispirati dall'ottimismo di Rufy, riescono a fuggire e a salvarlo. Bagy, che ha mangiato il Frutto del diavolo Puzzle Puzzle, può separare il suo corpo in parti, quindi per sconfiggerlo le parti del suo corpo vengono rinchiuse in delle scatole; mentre la testa e i piedi vengono lanciati lontano da Rufy, liberando così i cittadini tenuti prigionieri.

Nel frattempo, Coby si incontra con Garp, il quale deduce che era con dei pirati prima di unirsi alla Marina, ma lo lascia rimanere a causa della sua onestà. A sua volta, Morgan viene punito per aver mentito riguardo all'attacco alla base. Mentre navigano, Nami contatta qualcuno per comunicargli di aver recuperato la mappa.

Ventidue anni prima dell'inizio degli eventi, il pirata Gold Roger viene giustiziato dal Governo Mondiale, ma prima di essere ucciso lancia una sfida: chiunque riuscirà a trovare il suo tesoro, il leggendario One Piece, diventerà il Re dei pirati.

Ventidue anni dopo, il giovane Monkey D. Rufy sogna di mettere su una ciurma per trovare il One Piece e diventare il re dei pirati, seguendo le orme del suo idolo dell'infanzia, Shanks. Nel suo tragitto finisce sulla nave della piratessa Alvida. Qui incontra Kobi, un giovane mozzo, che in realtà desidera unirsi alla Marina. Rufy grazie al suo corpo fatto di gomma, potere che ha acquisito dopo aver mangiato un Frutto del diavolo, sconfigge Alvida e parte con Kobi alla volta della base della Marina situata a Shells Town per ottenere una mappa della Rotta Maggiore.

Lì, assistono alla difesa di Roronoa Zoro, un cacciatore di pirati, mentre protegge una giovane ragazza da Helmeppo, il figlio del capitano dei Marines Morgan mano d'ascia. Come punizione, Zoro è condannato a essere appeso ad una croce sotto al sole per sette giorni senza mangiare. Rufy libera Zoro dopo aver visto il suo lato buono e successivamente incontra Nami, una ladra, che è anch'essa alla ricerca della mappa. Dopo aver sconfitto Morgan e le sue truppe, i tre fuggono.

In seguito, Kobi decide di separarsi da Rufy dopo avergli comunicato che rimarrà per perseguire il suo sogno di entrare nella Marina. Nel frattempo, Rufy, Zoro e Nami portano via la cassaforte, precedentemente rubata, contenente la mappa.